ガザ紛争 – 2005~2007年
ハマスはファタハと対立 する一方で、2005年2月に締結された停戦合意を無視してイスラエルへの攻撃を継続し、イスラエル軍がガザ地区から撤退した 2005年8月以降 2006年6月末までに 757発のミサイル攻撃（イスラエル政府の統計）を行い、イスラエル軍は空爆と砲撃で応酬、停戦合意は事実上崩壊していた。
2006年6月9日、イスラエル海軍の砲艦がガザの海岸に向けて 8発の砲弾を発射し、海岸にいたパレスチナの民間人一家 8名が被弾して死亡。
当初イスラエルは誤射としていたが、その後に爆発はパレスチナ人が埋めた地雷が爆発したものだと主張し、イスラエルの エフード・オルメルト 首相（シャロン首相が脳卒中で倒れた後に就任）は死傷者に対する責任は認めなかった。
ハマスは 6月10日に 2005年2月の停戦合意の破棄を表明し、イスラエルに対してカッサムロケット弾による攻撃を開始、イスラエルもガザ地区をミサイル攻撃で応酬しながら 6月24日にはイスラエルの特殊部隊がガザ地区を襲撃する。
2006年6月25日はハマスの軍事部門 イズ・アディン・アル＝カッサム旅団 とファタハやイスラーム聖戦など複数の組織メンバーから構成された パレスチナ民衆抵抗委員会（PCC）、サラフィー・ジハード主義の武装組織 イスラム軍 がイスラエルに侵入し、イスラエル国防軍の駐屯地を攻撃した際にイスラエル軍兵士ギルアド・シャリートを誘拐して監禁、イスラエルに対して拘束しているパレスチナ人の女性と18歳未満の未成年者全員の解放を要求する。
イスラエル軍は 6月28日にガザに侵攻、民間施設や橋を破壊したほか発電所を空爆、6月30日から夜間の空爆が開始され、ガザに出入りするすべての国境検問所が閉鎖されたためガザは人道危機に陥る。
戦闘は11月26日に停戦協定が締結するまで続き、416人のパレスチナ人が殺害（半数以上は民間人）され、イスラエル民間人6人が死亡している。
捕虜になったギルアド・シャリート氏は 2008年に約1000人以上のパレスチナの囚人釈放を条件に解放された。
ハマスは停戦合意した後もカッサムロケット弾による攻撃を継続し、2007年3月下旬にイスラエル軍はガザ地区を襲撃。4月にはイスラエル軍の部隊がヨルダン川西岸地区に潜入し、アル・アクサ殉教者旅団とイスラーム聖戦のメンバー 3名を射殺したほか、パレスチナ人の警官と民間人を少女を殺害。
2007年5月にはイスラエル軍がヨルダン川西岸地区を襲撃し、パレスチナ自治政府の教育大臣や市長など「何の罪にも問われていない」議員やハマスの指導者 30人以上を 「ハマスと関係していると見做す」という理由で一方的に逮捕 する。
イスラエルによるパレスチナ議員の逮捕はパレスチナの政治的権利や自己決定権を侵害した行為で、占領下の地域での民間人の逮捕や拘束は正当な理由がない限り禁止している国際人道法にも違反しているが、イスラエルは「国家の安全保障」と「テロ対策」を主張し、米国をはじめとするシオニスト団体やユダヤ系の団体と緊密な関係にある欧米諸国がイスラエルの主張を支持するため、パレスチナや国際的な組織が非難の声を上げても掻き消されしまう。
ガザ紛争 – 2008年-2009年
2007年6月にハマスがガザ地区の支配権を確立すると、9月にイスラエルのオルメルト首相はガザを「敵対地域」と宣言し、ガザを封鎖して電力、燃料、その他の物資のガザへの移送を制限。
EUはイスラエルの対応を「集団的懲罰」として非難するが、イスラエルは聞き入れず、2008年1月にイスラエルは国境を完全に封鎖する。
2008年6月19日にエジプトの仲介によって 6ヶ月間の小康状態または停戦に関する協定が締結され、ハマスはイスラエルに対する一時的にロケット弾と迫撃砲による攻撃を停止するが、イスラエル軍は因縁をつけて農民や漁師などの民間人に発砲して負傷させたほか、民間人が屋内に残ったままブルドーザーで住居を破壊し、白旗を掲げた民間人を射殺、家屋の攻撃に白リン弾を使用 するという戦争犯罪も発生、停戦協定の要でもあったガザ地区の封鎖を解除せず、ガザ地区の状況はまったく改善しなかった。
停戦義務を遵守しないイスラエルに対してハマスとは異なるガザ地区の武装集団が散発的にイスラエルをロケット弾で攻撃、ハマスは停戦義務を守って攻撃していなかったが、イスラエルは自身の停戦義務違反を棚に上げてハマスの停戦義務違反を糾弾。
2008年11月4日、停戦協定の期間前にイスラエル軍は「イスラエル兵士を捕らえるために使用することを意図した可能性のあるガザ地区のトンネルを発見したので破壊する」という、ヤクザの言いがかりを付けてガザ地区に侵攻。
ハマスもイスラエルに向けたロケット弾攻撃で応酬して戦闘が激化し、イスラエルによる大規模な空爆と戦車・砲撃隊などによる市街戦でパレスチナの一般市民 4000人が避難民となり、1月17日にイスラエルが一方的に停戦を宣言して部隊を引き上げるまでに、パレスチナ側では民間人を含む1300人以上が死亡し、死傷者の1/3は子供だった（イスラエル側は 13人が死亡）。
米国のブッシュ大統領は戦闘の責任はハマスにあり、イスラエルは自国を守る権利があるとしてイスラエルを全面的に支持、停戦を求めながらも国連安全保障理事会の停戦決議を阻止するなどのダブルスタンダードで国内外から非難される。
イスラエルは市民への無差別攻撃、国際赤十字の救急車両への攻撃、国際が運営し、避難所としてイスラエルへも通告していた女学校への無差別空爆、幼児への無差別銃撃、パレスチナの子供を人間の盾として使用するなど、数多くの戦争犯罪が判明、イスラエル政府は報告書を否定して調査の方法について批判するが、イスラエルの兵士がガザでの虐待を認めている。
国連パレスチナ難民救済事業機関 (UNRWA) の運営する避難所で 40人以上が死亡した際に、イスラエル軍は同施設の付近からハマスの攻撃があったと主張したが、NRWAや地元住民は「現場に戦闘員はいなかった」と否定している。
ローマ教皇庁のレナート・マルティーノがガザ地区を大規模な強制収容所と揶揄し「金を払うのは常に無防備な住民だ。」と語ったように、イスラエルのガザ侵攻は国際社会から非難され、紛争中に発生した世界中の反ユダヤ主義に関する事件は前年の 3倍以上に増加し、過去 20年間で最高を記録する。
ガザ紛争 – 2010～2012年
2009年2月5日にエジプトの仲介でイスラエルとハマスは 18ヶ月の停戦協定に合意するが、双方に協定違反があり、国境付近での小規模な交戦が断続的に発生していた。
イスラエルは2009年3月にハマスに対する攻勢強化を訴えた右派政党リクードの党首 ベンヤミン・ネタニヤフ が首相に就任するが、2008年のリーマン・ショックによる世界金融危機でダメージを受けた経済の立て直しが急務で、経済が持ち直すと 2011年には社会的不平等や物価上昇、住宅問題などに対する大規模な抗議運動が起こり、ネタニヤフ政府は経済改革や社会保障の拡充を迫られる。
2011年8月18日にイスラエル南部のエイラットで複数の武装集団がエジプトの国境を超えてイスラエルに侵入し、民間車両を襲撃してイスラエルの民間人 8人が殺害、武装集団はイスラエル軍とエジプトの治安部隊によって 10名が殺害、1名は自爆する（エイラット襲撃事件）。
イスラエル政府は襲撃がハマスと 人民抵抗委員会（2000年に設立されたパレスチナ武装集団の連合組織）による犯行だと主張、ハマスと人民抵抗委員会は事件を称賛しながらも犯行は否定し、パレスチナ自治政府も「侵略の口実」に事件を利用しないようにと発言するが、イスラエル軍はガザ地区を空爆。
中国人民解放軍の兵士を含む 14人が死亡、ハマスはイスラエルにロケット弾を発射して応戦する。
事件発生から一ヶ月後の 9月22日にアルカイダ系の武装組織 アンサール・エルサレム（ABM）が 攻撃を主張（映画「イノセンス・オブ・ムスリム」の予告編でムハンマドを侮辱したことへの報復だとする声明を発表）、ネタニヤフ政権が「侵略の口実」に事件を利用したとするパレスチナ自治政府の発言が裏付けされる。
2012年3月9日、イスラエル軍は「イスラエル国境で大規模なテロを計画した容疑」で、人民抵抗委員会（PRC）の事務局長 ズハイル・アル＝カイシ の車両をガザ地区で襲撃して殺害。
ズハイル・アル＝カイシはイスラエル政府が 2011年8月のエイラット襲撃事件の首謀者と主張している人物だった。
ロケット弾を迎撃する防空システム「アイアン・ドーム」
イスラエルの攻撃に対してガザの武装組織はロケット弾で応酬、イスラエル軍はさらにガザを空爆し、3月12日までの攻撃によりパレスチナ人は民間人を含む 23人が殺害される（イスラエルはロケット弾により民間人 23名が負傷）。
イスラエルは 2011年に独自開発（米国が技術協力や資金援助を提供）した防空システム アイアン・ドーム を実戦配備し、高確率でガザ地区からのロケット弾迎撃に成功する。
イスラエルは激化するガザ地区からロケット攻撃への対抗措置として、2012年11月14日にハマスの軍事部門責任者 アフマド・ジャアバリー を空爆により殺害し、「ハマスは民間人を人間の盾として武器弾薬を住宅地に隠している」という理由から、ハマスの軍事施設攻撃にはガザ地区の民家も標的にされ、11月21日に停戦合意されるまでの間にパレスチナ人は 174人が死亡（民間人は107人）、イスラエルでは民間人 4人と兵士 2人が死亡した。
ガザ紛争 – 2013～2014年
2012年11月21日の停戦後、停戦合意に従って 2014年6月までハマスはロケット弾を使用せず、取り締まりを強化して他の過激派武装組織の軍事行動を抑制し、ガザ地区からイスラエルの攻撃は劇的に減少するが、イスラエルのネタニヤフ政権は「安全保障の懸念」を口実に停戦協定に違反してガザ地区の封鎖を継続。
イスラエルが一方的に設定したガザ地区内の緩衝地帯も復活し、緩衝地帯に立ち入ったパレスチナ民間人を射殺するなどの協定違反を繰り返す。
停戦合意後 2013年の 1年間でハマス以外の武装組織によってロケット弾 55発が発射され、イスラエルも 10回の空爆を行っており、パレスチナ人 44人が死亡、イスラエルでは 6人が犠牲になっているが、年間の犠牲者としてはアル=アクサインティファーダが発生して以来、最低の水準だった。
イスラエルのネタニヤフ首相が所属するリクード党はパレスチナ全域（約束の地）をイスラエルの領土にすることを目標としており、ネタニヤフ政権は停戦合意を遵守しないだけでなく、国際法に違反するパレスチナ地区への入植も強行するなど、パレスチナ自治政府との和平プロセスの推進に消極的だったため、2014年4月にヨルダン川西岸地区にあるパレスチナ自治政府（PA）のアッバース大統領はガザ地区の統治しているハマス政権のハニーヤ首相と会談し、現状の打開策として「パレスチナ統一政府」の設立で合意、ハマスのハニーや首相は政権を放棄し、6月に ラーミー・ハムダッラー を首相として新政権が樹立する。
パレスチナの統一政府は国際社会の協力を約束されたが、ネタニヤフ政権は大きな脅威になるとして強く反発し、PAの代わりに徴収している関税をイスラエル企業に対する負債に当てるとして経済制裁を匂わせて脅迫。
ネタニヤフ政権を後押しするように米国ではパレスチナ統一政府でのハマスの影響について特集されるなど、シオニスト団体の圧力と思われるプロパガンダが行われている。
パレスチナ統一政府が機能してパレスチナが和平プロセスに大きく前進すると、イスラエルは「安全保障上の懸念」という口実がなくなり、パレスチナ地区の封鎖や緩衝地帯、パレスチナ地区への入植などが国際社会で問題になるため、ネタニヤフ政権にとって「パレスチナは脅威」というレッテルは不可欠だった。
2014年6月12日にヨルダン川西岸にあるイスラエルの入植地で、10代のイスラエル人 3名が犠牲になった誘拐殺人事件（グーシュ・エツヨン誘拐殺人）が発生し、ネタニヤフ首相は証拠を提示しないまま「ハマスが犯行に関与している明白な証拠がある」としてパレスチナ統一政府を激しく非難。
ハマスは関与を否定するが、イスラエルはヨルダン川西岸地区に大規模な軍隊を派遣し、ハマスの幹部を含む 600人以上を逮捕してハマスの関係先を破壊する。
イスラエル軍の侵攻を受け、ガザ地区からは武装組織がロケット弾を発射、ハマスは攻撃を抑止しようとしたが、ロケット攻撃は連日続いた。
この事件は殺害された本人からイスラエル警察に通報があったにも関わらず、イスラエル警察は「いたずら電話」だとして放置、被害者の家族から捜索願を受理してから捜査を開始。
6月13日には焼き焦げた乗用車が発見され、車内には多数の血痕も残されており、イスラエルの緊急有報受付センターに被害者が犯人から銃撃を受けている最中の通話が記録されていることも判明。
6月13日の時点で誘拐された 3名は殺害されている可能性が高かかったにも関わらず、ネタニヤフ政権は殺害を示唆する証拠を隠蔽し、「殺害」ではなく「誘拐」されたと発表、捜査を口実にヨルダン川西岸のヘブロン地区へ侵攻を開始する。
事件の犯人はヘブロン地区で大きな勢力をもっていた カワスメ 一族のメンバーで、ハマスに所属しながら停戦中にイスラエルへロケット弾を打ち込むなど、ハマスの政策を妨害することで有名だった。
ハマスは組織として誘拐に関与していなかったが、犯人がハマスのメンバーであることを認める。
殺害された少年 3名の遺体は 6月30日に発見され、翌日に公表されると 7月2日の早朝にパレスチナ人の男性がイスラエル人に殺害される。
逮捕されたユダヤ人の容疑者 6名は報復殺人を示唆し、パレスチナ統一政府のアッバース大統領はイスラエル政府を激しく非難し、イスラエルとパレスチナの緊張が一気に高まる。
7月7日にイスラエルはロケット攻撃の報復としてガザ地区を空爆、この攻撃によりハマスは停戦合意後はじめてロケット攻撃を開始する。
7月16日までにパレスチナでは空爆による死者が 200人を超え、ガザ地区の封鎖もあって 2008年のガザ紛争以来の人道危機に陥る。
7月14日にアッバース大統領の承認を得て停戦案がエジプトの仲介で発表され、イスラエルは停戦に応じるが、停戦案の内容についてハマスに相談がなく、エジプトのシーシー大統領が新イスラエルであることも関係し、停戦案にはパレスチナ側の要求が省略されていたため、ハマスは停戦を拒否。
7月17日、イスラエル軍はガザ地区への地上侵攻を開始。
戦闘は 2014年8月26日に無期限停戦が合意されるまで続き、パレスチナ人 2205人（民間人1483人を含む）、イスラエル人 71人（兵士66人を含む）が犠牲になった。
ガザ紛争 – 2015～2019年
2015年3月の議会選挙でリクード党が第一党になり、ベンヤミン・ネタニヤフが 4期目の首相に就任。
イスラエル政府によるガザ地区の封鎖は継続され、散発的な衝突は発生するが、大きな戦闘に発展することはなく、2018年3月にイスラエルがガザとの国境沿いに設置したパレスチナ人の立入禁止区域撤廃を求めたデモが行われ、ハマスがデモを承認し、他の武装組織や一般市民も参加して毎週金曜日に立ち入り禁止区域前に大規模な抗議活動が行われた。
パレスチナの領土に対してイスラエルが立ち入り禁止区域を設定し、武力を行使するのは国際法に違反しており、国際社会から非難されているが、2007年に設定されてから一度も撤廃されていない。
デモは基本的に平和的だったが、一部の興奮したパレスチナ人がフェンスの向こう側にいるイスラエル兵に石や火炎瓶を投げ、イスラエル兵は催涙弾や実弾で応酬。
デモは 2019年12月27日まで継続されたが、その間にイスラエル兵は 223人のパレスチナ人を殺害しており、国連の調査ではパレスチナ人の死傷事件 489件のうち、危険への対応として正当化される可能性があるのは 2件のみだった。
抗議参加者の若者は「パレスチナ国旗を持ち、もう片手に石を持っていればイスラエル兵に殺される可能性がある」と語っているが、イスラエル兵は負傷者の手当をしている医療従事者へも攻撃しており、イスラエル政府はデモ活動での重症者を設備の整ったヨルダン川西岸の病院に移動することすら拒否している。
米国トランプ大統領がエルサレムをイスラエルの首都として承認
2017年12月に米国共和党のの ドナルド・トランプ 大統領は公約していた通り、東西エルサレムをイスラエルの首都として認め、大使館をテルアビブからエルサレムに移転。
国際社会は強く反発し、国連総会では首都認定を撤回する決議が採択されるが、シオニスト団体とキリスト教福音派の支持を獲得したいトランプ大統領は、中東和平よりも自分ファーストの政策を強行する。
東エルサレムは 1967年の六日戦争でイスラエルが占領し、パレスチナ人の土地や住居を没収してユダヤ人の入植地を建設。
国際的に東エルサレムはパレスチナの一部でイスラエルの占領地と見做され、イスラエルの入植地建設は国際法に違反しているが、1980年にイスラエルは一方的にエルサレムを首都とし、エルサレムをイスラエルの完全な統治下に置くことを宣言。
トランプ大統領のエルサレム首都承認は、国際法に違反しているイスラエルを正当化するもので、キャンプ・デービッド合意から米国主導で行われてきた和平プロセスの事実上の終焉だった。
米国は民主党の ジョー・バイデン が大統領に就任した後もエルサレムの大使館を維持しており、トランプ大統領が閉鎖したパレスチナ向けの領事館を再開すると公約していたが、イスラエルやシオニストが反対しているためか、就任から 2年経過してもパレスチナ向けの領事館は再開されていない。
米国が親イスラエルなのは明らかだが、トランプ大統領は露骨にイスラエル支持を表明してパレスチナやアラブ諸国の信頼を失墜させ、パレスチナは米国による中東和平プロセスの仲介を拒否。
エルサレム首都承認の発表後、パレスチナ自治区ではイスラエルに対する抗議デモや暴動による人的被害が発生し、トルコやイランなどのイスラム諸国でも大規模な抗議デモが行われた。